Угу, понятно. Может это и баг Movable Type. Сейчас в 4-й ветке самая последний версия — 4.34. Можно попробовать обновиться: http://code.google.com/p/movabletype/downloads/list
Удалил все шаблоны и теги bigmir и sitemap. Пути восстановились. Но получил еще одну проблему - при разворачивании записи на полный текст, или ссылки на комментарии - все разворачивается, но слетает css.
Обновился, как написано в инструкции - все встало без проблем. Но проблема с css осталась. Нашел причину в Архивные шаблоны > запись: там были добавлены после <head>
<mt:SetVarBlock name="keywords"><$mt:EntryKeywords
encode_html="1"$></mt:SetVarBlock>
<mt:SetVarBlock name="description"><$mt:EntryExcerpt
encode_html="1"$></mt:SetVarBlock ,
взятые от сюда http://mtblog.ru/ . Удалил эти теги и все восстановилось.
Эти улучшения были вставлены самыми первыми из перечисленных, но тогда проблем не было. Возможно последовательность действий имеет для скрипта какое-то значение. Но это уже слишком глубоко для меня.
Сейчас, пока все нормально.
Опять поставил тот же sitemap. Все работает.