Можно просто скачать с сайта jQuery новую версию и загрузить её в папку со статическими файлами. Но здесь нужно быть аккуратным, так как при обновлении Movable Type файл может перезаписаться. А также новая версия может быть несовместима с функциями, которые прописаны в MT.

Значит, не будем суетиться :) Тем более что v1.3.2 вполне себе современная